A szegregációs index megmutatja, hogy a többség és kisebbség közti véletlenszerű kontaktusok valószínűsége mennyivel (hány százalékkal) kisebb annál, amekkora abban az esetben lenne, ha a kisebbségi (vagy a többségi) tanulók eloszlása egyenletes lenne a település iskoláiban. Más szóval, az index azt mutatja meg, hogy a lehetséges kontaktusok hány százaléka hiúsul meg a szegregáció következtében. Az index magasabb értéke magasabb szegregációt reprezentál. Nulla értéknél nincs szegregáció, 1 értéknél pedig tökéletes szegregáció van.

Az elkülönülés mértéke az iskolák között annál nagyobb, minél nagyobb városról beszélünk, – akár a roma tanulók, akár a hátrányos helyzetű tanulók helyzetét vizsgáljuk. A roma tanulók szegregációja mindenütt jelentős mértékben magasabb, mint a hátrányos helyzetű gyerekeké. A különbség Budapesten kétszeres mértékű. Az iskolán belüli szegregáció mértéke egyik indikátor szerint sem különbözik szignifikánsan a településtípusok között. Az iskolák közötti szegregáció regionális különbségei számottevőek. A legmagasabb átlagos értékeket a dél-dunántúli, az észak-magyarországi és az észak-alföldi régióban találjuk. A roma tanulókra számított mutatók itt is magasabbak, mint a hátrányos helyzetű tanulókra számított mutatók, továbbá a kistérségen belüli indexek valamivel magasabbak, mint a településen belüliek. Az osztályszintű szegregáció nem mutat regionális különbségeket. 

Az iskolaértékelések a kompetenciamérés során felvett teszteredmények mellett egy sor tanulói, iskolai, illetve iskolai telephelyi szintű információt is használnak. Ezen adatok hiányában megfelelően orientáló iskolaértékelések el tanárok részére bérpótlékokat, amennyiben az érintett iskolák integrált körülmények között oktatják a gyerekeket. Ennek a rendszernek a működéséről még nem rendelkezünk tapasztalatokkal. Ez utóbbi adatok forrásai a mérések során a résztvevők által kitöltött tanulói, iskolai, illetve telephelyi háttérkérdőívek. A tanulói háttérkérdőívek kitöltése anonimizált és önkéntes. A tanulók a kérdőíveket otthon, szüleikkel közösen töltik ki, és a kitöltött kérdőíveket lezárt borítékban juttatják el az iskolájuk közvetítésével az Oktatási Hivatalhoz.