A Magyarországon eddig is külön jogszabállyal védett területeken túl 1,2 millió ha lett Natura 2000 terület. A két területtípus közötti átfedés 42,4%; a területek kiterjedése összesen 1,99 millió ha (21,4%). A 2009-2013 közötti időszakban a Natura 2000 hálózat kijelölése lezárult, de sok helyen a mai napig nem készült el a területek kezelési terve, és a területhasználók alapvető ismeretek hiányában tevékenykednek. 479 különleges természet-megőrzési terület (1,44 millió ha) és 56 különleges madárvédelmi terület (1,37 millió ha) található az országban.