Magyarországon a 2000-es évek közepéig (és különösen látványosan a Nemzeti Agrár Környezetvédelmi Program 2002-es elindítása után) jelentősen növekedett az ökológiai gazdálkodók száma és az általuk művelt területek nagysága. A csúcson több mint 130 ezer hektár ökológiai gazdálkodással művelt terület és közel 1600 ellenőrzött mezőgazdasági termelő volt. 2004 óta azonban mind az ellenőrzés alá vont terület méretében, mind az ellenőrzött gazdasági szereplők számában ingadozás, illetve visszaesés figyelhető meg, 2009 óta pedig látványos a csökkenés, ami elsősorban a szabályozási és támogatási rendszer átalakítására vezethető vissza. Ha mindehhez hozzávesszük, hogy Magyarország az utolsók között kullog Európában az ökológiai gazdálkodás részaránya terén, akkor a mára elért „eredmény” elkeserítő: 2012-ben 130,6 ezer hektáron 1560 termelő folytatott ökológiai gazdálkodást, ami nagyjából az egy évtizeddel korábbi értéknek felel meg. A Magyarországon tapasztalt csökkenés Európában, illetve a szűkebb kárpát-medencei térségben is példátlan és egyedülálló.

Az ökológiai gazdálkodás jó esetben a magas(abb) hozzáadott értékről, a helyi termékről és az értékesítésből közvetlenül profitáló termelőkről szól. Magyarországon ehelyett biotakarmány- és mezőgazdasági alapanyag előállítás zajlik, kiegészítve azzal, hogy a másképp nem hasznosított ugarokat, gyepeket, nádasokat stb. a magasabb támogatás érdekében az ökológiai gazdálkodásba soroltatják, ezzel is szépítve (akaratlanul) a statisztikát.

Az ún. ökológiai állatartást tekintve az összes állatállomány 75%-a szarvasmarha. A 933 számosállományú bivalyállományt is ideszámítva, ami az összes állomány 4,2%-a, a kérődzők a 22216 állategységből 17607 állategységet, azaz 79,2 százalékot tesznek ki. Ennek az állománynak a túlnyomó többsége nemzeti parki (génmegőrzési, illetve bemutatási céllal tartott) állat, amelyek az élelmiszertermelésben nem vesznek részt. Kedvezőtlen jelenség az is, hogy az ökológiai állattartásban tartott állatállomány nagysága (a baromfiféléket leszámítva) folyamatosan csökken. Különösen látványos a visszaesés a bioméhészet területén, amely korábban a magyarországi ökológiai állattartás egyik sikerágazata volt.